Trayectoria

Hernán es de avellaneda, justamente la ciudad donde Independiente tiene su estadio y sede; se integró a las inferiores del dicho club a fines de los años '90. Se convirtió en uno de los jugadores símbolo de las inferiores, e incluso llegó a participar del Mundial Sub20 del año 2006 y anotar un gol allí.
Debutó en Primera el 28 de febrero de 2006 en un partido donde se igualó sin tantos (0 a 0) contra Quilmes. Era la fecha 7 del Clausura 2006. En la siguiente temporada (2006/2007) no pudo consolidarse en el plantel titular, a pesar de haber marcado en la 5° fecha del Clausura 2006 su primer .
Fue en el Apertura 2007, con la llegada de Pedro Troglio como DT de Independiente, que Hernán Fredes comenzó a ganarse un espacio como titular. Comenzó siendo una alternativa ofensiva al puesto ocupado por Matías Oyola, luego como una alternativa o complemento de Gastón Machín (otro volante ofensivo, pero ubicado en el otro lado del mediocampo), y finalmente como titular.
Participó en "el partido de las estrellas" un amistoso realizado en diciembre de 2007 entre el equipo azul (los amigos de Messi) y el equipo rojo (los amigos de Ronaldinho).